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）十月，谭纶以原官出任陕西巡抚。还没上任，四川大足县（今重庆大足）民众便发动起义，攻陷了七座城镇，世宗改授谭纶为四川巡抚。他到任时，起义已经被镇压。云南地方的叛乱首领凤继祖逃入会理，谭纶调集军队将其讨平。
嘉靖四十五年（1566年）十月，谭纶升任兵部右侍郎兼都察院右佥都御史、总督两广军务兼理粮饷（两广总督），同时兼任广西巡抚。他到任后，招降岑岗“贼”江月照等人。
谭纶熟悉兵事，朝廷依靠他对付倭寇，遇到警讯就调动他们，他任官没有满一年的。等到东南沿海的倭寇大略平定后，北部边关的祸患却方兴未艾。
总督蓟辽
隆庆元年（1567年）三月，谭纶上疏求退，明穆宗不允。八月，给事中吴时来奏请征召谭纶、俞大猷与戚继光回京训练兵马。经兵部复议，穆宗决定召谭纶回兵部管事，并在隔年（1568年）三月升授他为兵部左侍郎兼任右佥都御史，总督蓟、辽、保定军务，兼理粮饷。谭纶上奏说：“蓟镇、昌平的兵丁不满十万人，而且老弱者占一半，分别隶属几位将领，分散于二千里的防区。敌人集中兵力来攻，我们分兵防守，众寡强弱不等，所以言事者请求赶紧训练兵马。然而四大困难不解决，最终不能训练兵马。敌人擅长骑射，不招募三万人经常练习车战是不能制服敌人的。统计三万人的月饷，每年五十四万两白银，这是一大困难。燕、赵的兵丁的锐气在边防中耗尽了，不招募一万二千多名熟谙战事的吴、越士兵，掺杂在他们中间教练他们，必然难以成事。我与戚继光受召就可以立马赶到，议论的人认为不可能，不始终信任，这是第二大困难。军事崇尚严格，然而燕、赵的士卒一向骄惯，骤然被处以军法必然大为震惊骇然。况且又离京城很近，容易产生流言蜚语，徒然使忠诚、明智的士卒受到掣肘而废弃了功力，进而酿成其他祸患，这是第三大困难。我方兵士一向没有直接与敌作战，就是打败了敌人，敌人不心服，能够再次打败敌人，才能使敌人终身受创，但是这容易产生忌恨与妒嫉；想再有作为，祸患已经先到了。这是第四大困难。按现在的情况考虑，请求调集蓟镇、真定、大名、井陉和督抚的标兵三万人，分成三个营，指令总兵、参将、游击分别统率他们，而且授予戚继光总理练兵的职责。春季与秋季两个防御期，三营的兵马各自调至边关附近。敌人来了就能将他们遏制在关外，敌人攻进来了就能与他们在关内决一死战。这两方面没有效果，我不逃避罪责。而且训练兵马不是一朝一夕的事，现在秋季防御已经临近，请迅速调集三千名浙江兵，以缓解急迫的形势。三年之后，边防军训练好了就遣返浙江兵。”
穆宗下诏全部同意了他的请求，仍指令谭纶、戚继光商讨分别成立三个营的事情。谭纶趁机说：“蓟镇训练了十多年的兵马，然而最终不见成效，是因为任务不专一，训练也不落实。现在应该责令臣谭纶与戚继光，专门负责，不要让巡按、巡关的御史参与到这中间。”自从战事兴起，边防大臣受舆论牵制，不能有所作为，所以谭纶上奏陈述此事。而且巡抚刘应节果然有不同的意见，巡按御史刘随、巡关御史孙代又弹劾谭纶专横。穆宗采纳了张居正的意见，将练兵作战的事情全部委托给了谭纶，并且告诫刘应节等人不得阻挠。
隆庆四年，谭纶升任都察院右都御史兼兵部左侍郎，协理京营戎政。
隆庆五年八月因修成敌台之功，谭纶升任兵部尚书兼都察院右副都御史仍协理戎政。
十月穆宗允许谭纶告病乡休假，隆庆六年七月新即位的明神宗朱翊钧启用谭纶为兵部尚书。
次年正月，给事中雒遵弹劾谭纶不称职，谭纶也一再奏请罢职。神宗下优诏挽留，在此期间他被加封为太子少保。
卒于任上:万历五年四月初三日
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