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及第后被授职为南京礼部主事。
不久，后因母亲去世而离职丁忧。丧期满后改任兵部职方郎中又调任台州府知府。
当时东南海疆已经遭受了四年的倭患，朝廷商议训练地方乡兵来抵御倭寇。
参将戚继光请求给他三年的时间训练地方乡兵而后将他们派往前线。谭纶也训练了一千人。
他制定了约束队伍的纪律，从副将以下节节相互制约，分配明确，进止整齐划一，不久就成为精兵。
倭寇进攻栅浦时谭纶亲自带队迎击，三战三捷。倭寇又从松门，澶湖劫掠附近的六个县，进而围攻台州，没有攻克只得离去。
倭寇转而侵犯仙居，临海。谭纶将他们全部擒拿，斩杀。嘉靖三十七年闰七月，谭纶升任浙江按察司海道副使，招募更多浙东地区的良家子弟加以训练而且戚继光所训练的兵马也已经到期。谭纶趁机收编了他们，罢除外地兵，不再调派他们。
次年三月，倭寇从象山县登岸，冲击台州。谭纶率军在马岗，何家＜石＋览＞等地将其击破，斩首七十七级；又与戚继光一起在葛埠，南湾打败倭寇。
嘉靖三十九年九月，经直浙总督胡宗宪举荐，谭纶被加封为浙江布政使司右参政，因遇上父母的丧事而离职。
屡败倭寇:后来，谭纶因兵部尚书杨博的举荐而复出，任浙江布政使司右参政兼按察司副使，统率浙军讨伐饶平林朝曦起义，林朝曦是大强盗张琏的余党。张琏已被消灭，林朝曦占据巢穴不投降并攻击程乡，知县徐甫宰严阵以待并且派遣主簿梁维栋到起义军中去告谕起义军解散。
林朝曦众叛亲离，弃巢逃走。谭纶与广东军追击并擒获了他。六月，谭纶改“于福建管粮”他以地方稍归宁静为由，请求回家终制。因讨平张琏与江西流贼功劳先后得到赏赐。
就在谭纶居家时，戚继光屡次击败倭寇，浙东略略安定，经戚继光努力，浙江倭患终告解除。福建的倭寇活动却愈来愈猖獗。
嘉靖四十一年，倭寇进犯福建并联合福宁，连江等地的倭寇先后攻陷寿宁，宁德等地。从广东南澳方面侵略的倭寇联合福清，长乐的倭寇攻陷玄钟所，并进犯龙岩，松溪，大田，古田，莆田等地。戚继光再度出击，经过几番战斗将闽广一带的倭寇大致扫清。
就在戚继光部凯旋回浙不到一个月，倭寇再度兴兵进犯邵武，攻陷兴化。嘉靖四十二年三月朝廷再次启用谭纶，升其为都察院右佥都御史，福建巡抚，协调各部行动。
倭寇驻扎在崎头城，都指挥欧阳深在激战中牺牲。平海卫，政和，寿宁等地均被攻陷。一时间“四野一空，八闽俱震。”
四月，谭纶会集戚继光，与总兵官俞大猷，刘显研究作战计划。先在各海道上环立栅栏阻断倭寇海上归路又决定由戚家军担任中路主攻，俞大猷，刘显军为左，右两翼。
战斗开始后，谭纶按计划部署各部进攻。由戚继光率中军突破敌阵，左右军紧随其后。最后在平海卫大败倭寇，斩首两千余级，救还被掳男女三千余人并追歼散逃的倭寇，光复了一府二县。
七月，谭纶上疏奏捷。世宗下诏升授他为都察院右副都御史，十月，谭纶认为延平，建宁，汀州，邵武地区残破不堪，请求缓期征收已经蠲免的赋税，又考察旧制，建立了五座水寨，扼守海口，推荐戚继光担任总兵官镇守该地。朝廷下诏全部准予施行。十一月，倭寇又围攻仙游，谭纶命戚继光于十二月领兵援救，在仙游城下以各个击破的战术，一举消灭倭寇。嘉靖四十三年（1564年）初，戚继光继续在王仓坪、蔡丕岭打败倭寇，其余倭寇逃窜，广东境内全部安定了。同年四月，谭纶因倭患基本平定，上奏请归家终丧，得到朝廷允准。
历抚三地
嘉靖四十四年（1565年
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