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素放在同一列。这些都是从元素的物理属性（质量）和化学属性（化学性质）来排布，并没有揭露元素之间最本质的差异。孙元起的论文就从这个角度着手。
论文从孙元起前两篇论文的结论写起，认为原子有原子核和核外电子层组成，因为电子带负电，所以原子核里应该有带正电的其他粒子，它们非常小，却拥有几乎整个原子的质量；它们结构非常稳定，拥有的正电荷数和质量几乎不变；原子核所带正电荷数，决定了该种原子属于何种元素，而原子核所带正电荷数也与原子核的质量——即原子量——存在正关联。
因为孙元起身边并没有实验器材，只好“设计”了1913年英国物理学家莫塞莱的实验：利用阴极射线撞击金属产生x射线。认为实验结果“应该”是金属的原子序数越大，x射线的频率就越高。因此可以从一个方面证明原子核的正电荷决定了元素的化学性质，原子序数在数量上等于原子核所带的正电荷，进而明确作为周期律的基础不是原子量，而是原子序数。
这是论文的第一部分，主要讨论原子核与元素之间的关系。
而论文的第二部分，孙元起则开始讨论原子核外层的电子及其与元素化合物之间的关系。这些主要“剽窃”自物理学界另一位大牛尼尔斯·玻尔（nielshenrikdavidbohr）的研究成果。
玻尔（1885—1962）是丹麦着名物理学家，家境良好。1903年进入哥本哈根大数学与自然科学系读书。1906年，还是大学生的玻尔就因对水的表面张力的出色研究工作，荣获丹麦皇家科学院金质奖章。其后，于1909年和1911年以金属电子论方面的论文，分别获得哥本哈根大学的科学硕士和哲学博士学位。1911年赴英国剑桥大学，在j·j·汤姆逊的指导下，跟卢瑟福搞科研。1913年，写出了《原子构造和分子构造》（1）（2）（3）三篇论文，提出了定态跃迁的原子模型，即着名的玻尔原子理论。1922年，因对原子结构及原子辐射的研究而获得诺贝尔物理学奖。当然，玻尔关于电子的“跃迁假设”论述，孙元起并不准备在这个小册子中讲明——因为现在普朗克还没有提出能量子假说，或许这是下一篇论文“剽窃”的对象——他只准备说一些粗浅的，就像二十一世纪中学物理、化学课本中所叙述的那样，只有这样，才能吸引全世界科学家和科学爱好者的注意力。
在这一部分中，主要是论述电子层的“定态假设”：原子核外层电子数应该和原子核正电荷数相符合，但是他们如何排列呢？“根据”门捷列夫的元素周期表，可以“设想”第一层稳态为2个电子，第二层为8个，第三层也是8个，第四、第五层则是18个……原子为了达到稳态，会失去或捕获电子。失去或捕获电子能力的大小，决定元素的化学属性。所谓分子，就是数种元素的原子按照一定方式排布，达到稳态所形成的化合物。而化学反应的本质，也可据此原理来推衍，就是不同的离子组成更稳定的化合物。其后，又并就化学反应方程式、元素化合价等进行讨论和总结。
阿伦尼乌斯在1883年开始创立电离学说，解释溶液中的元素是如何被电解分离的现象。并在1884年以《电解质的导电性研究》论文申请博士，但他宣读完论文后，教授们“个个怒不可遏”，难以容忍这种“荒谬绝伦”甚至“纯粹是空想”的理论。在同克莱夫“激烈辩论”后，他的论文被评为3级，需要再次答辩。后来，他的电离学说才渐渐被学界所接受，但其只解释了这个现象，并不知道为什么会这样。在孙元起的论文中，给出了最根本的解释。
论文内容在现代人看来，是非常浅显的，因为这些已经被写入中学课本，被认为是理所当然的。但对于十九世纪末的科学界，却不亚于是晴天霹雳，绝对有振聋
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