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崇祯十七年（1644年）正月，李自成在西安称帝，建国“大顺”。
同年三月十五日，李自成率大顺军抵达居庸关，监军太监杜之秩、总兵唐通不战而降。
同时，大顺刘芳亮率领南路军，东出固关后，真定太守邱茂华、游击谢素福出降大顺，大学士李建泰在保定投降。
三月十九日清晨，兵部尚书张缙彦主动打开正阳门，迎刘宗敏部进京；中午，李自成由太监王德化引导，从德胜门入，经承天门步入内殿。崇祯帝带着太监王承恩景山自缢，史称甲申之变。
李自成下令将朱由检“礼葬”，李自成在东华门外设厂公祭，后移入佛寺。
二十七日，葬于田贵妃墓中。
五月初二日，清军在吴三桂勾引下进入北京。李自成率大顺农民军退走山西，后又转向陕西。
其后，在半年多时间内，清顺之间展开决战，而明朝南方的半壁江山完好无损。
从崇祯十七年（清顺治元年，1644年）五月，弘光帝在南京称帝时，南明控制着登莱、凤阳、湖广、安庆、应天、浙江、福建、江西、南赣、广东、广西、偏沅、贵州、河南、四川、云南等巡抚辖区。
明朝实行两京制度，一个是北京，一个是南京。
在朱由检自缢、北京城易主之后，南京成为有实际内涵的另一个政治中心，成为原明朝官僚最集中的地方。
在南京，很快展开一场拥立新帝的斗争。
当时逃难到淮安城的有福王朱由崧和潞王朱常淓。凤阳总督马士英主张拥立朱由崧，因为他是神宗皇帝的孙子，而朱常淓是神宗皇帝的侄子。
南京兵部尚书史可法、侍郎吕大器、右都御史张慎言、詹事姜日广及原礼部侍郎钱谦益等主张拥立朱常淓，理由是朱常淓比朱由崧贤明，当立贤不立亲。
马士英得到江北总兵高杰、黄得功、刘泽清、刘良佐的支持，拥兵迎朱由崧进入南京，先给他以监国的名义。崇祯十七年（1644年）五月，朱由崧即帝位，年号弘光。
户部尚书高弘图与史可法、马士英等被推入阁，史可法仍掌兵部事，马士英仍督师凤阳。
弘光政权坚持与大顺政权为敌的立场。
当大顺军和清兵双双南下，对南京都形成威胁时，弘光政权把对付大顺军作为当务之急。
史可法提出，“目前最急者，无逾办寇”。马士英则认为，坐视大顺军和清兵两虎相斗，是当今上策。但在广大士民的眼里，弘光政权是明皇朝的合法继承者，清兵与大顺军的斗争基本结束以后，清政权与弘光政权的矛盾突出起来，弘光政权成为南方人民反抗清兵的一面主要旗帜。