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论文写好之后，孙元起把它邮寄给了美国的《science》。因为论文中“能量子”的猜想，与经典物理学界长期信奉的“一切自然过程都是连续的”原则相违背，老牌的《nature》可能对文章后一部分嗤之以鼻，删去最后一段关于能量子的论述也是极有可能发生的事情。倒是开放的《science》，可能会更欢迎这种奇思妙想。
论文寄出没几天，京师大学堂和崇实中学都开学了。崇实中学的学生与孙元起都已经稔熟，知道他搬了新家，每日里来得更加频繁。课程还是按照上学期之初所设定的，一步步地往下走，那教材也一点点地往下编。倒是京师大学堂，刚成立不久，学生来自五湖四海，也不知道物理学到什么程度，让孙元起很是忐忑。
开学前，抽空又去拜访丁韪良一次。丁韪良说话很直接：“这些新生，都是各省保送的秀才，背诵《四书》、《五经》是行的；对于物理，怕是一窍不通。”
孙元起只好把他们放到与崇实中学一年级的水平。
趁着这个空儿，与这位老同行讨论了一下物理的课程设置：第一年讲物理学中的力学、声学；第二年讲热学、光学；第三年讲电学、磁学；第四年讲授“物理教授之次序方法”，物理教学法前身。每周都是3个小时，考虑到初次学习物理，分成三次，每次1小时。
计议已定，孙元起方回去准备。这半年多，孙元起已经会认会写很多繁体字，只是榜书时不注意还会顺手写简体字——学生们认为是“白字”——而且写得拙劣，至少比起学生们工整秀媚的蝇头小楷是差远了。如今备课准备的，就是考虑板书该写哪些字的问题。
光绪二十五年正月二十日，京师大学堂正式开课。
大学堂有格致讲堂——也就是物理教室——两处，分别是给仕学、中学两批人准备的。按照中文总教习许景澄的看法，“俟算学门径谙晓，再及格致、化学等事”，即先学好数学，再考虑学物理、化学。眼下，只有仕学院的学生在选拔进来时，数学成绩不错，可以直接学物理。
去年十一月开学的时候，已经发了教材，正是孙元起呈递给孙家鼐的那几本，封面依然是“初等物理教科书”，扉页上却改成“孙元起百熙先生着，京师大学堂刊行”。孙元起见了，只能付之一笑。
即便之前在崇实中学神经已经被锻炼得粗大无比，当孙元起走进仕学院格致讲堂时还是大吃一惊：讲台下坐着二十几个人，年龄小的也有二十岁，年龄大的怕有三四十岁，大部分都留着胡髭，显得愈发老成。人人面前除了砚台、毛笔之外，还摆着一套三册的物理课本。有些崭新如初，看来是一直没有开卷；有些则已经磨出毛边，想来是经常翻阅。但无论如何，都保存得非常好。他们看见自己进来，都用惊异的眼光盯着孙元起。
孙元起大致扫了一眼，用发干的嗓子说道：“大家好，我叫孙元起，字百熙……”
在孙元起对自己大龄学生们感到惊奇的同时，学生们感到的震惊并不比他少。多年后，有人写文章回忆这段岁月时，还掩饰不住当时的惊奇。文中说道：
大学堂之开学也，在二十四年之仲冬，先颁诸科之教材。余试阅之，文史各本多陈词滥调，无非忠孝仁义；而西学各本，太半译自西洋，佶屈聱牙，难明其意。惟有格致教材，名曰“物理”，初以为误也。及开卷，则图文并茂，妙趣横生，寓哲理于粗浅之中，藏妙思于平白之外，并无胶涩之感，因生信服之心。如此涉浅入深，非邃于此道之巨手不能为也。视着者，署曰“孙元起百熙先生”，乃以为是学界耆宿。然问诸同行，咸云不知。
二十五年春正月，大学堂课开，同窗无不翘首。上课钟声既响，一少年翩翩然入，身形修颀，面容白皙，眼神灿烁，顾盼生姿，居然美男子。
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