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赵南星结党营私，包庇杨涟、左光斗、高攀龙等人。赵南星心灰意冷，自取头上乌纱帽，辞职回家种红薯去了。至于东林党领袖之一，内阁大臣叶向高，为了让他也回家种红薯，魏忠贤干脆采取无赖的方法，暗中吩咐手下安排地痞流氓跑到叶向高的府邸大吵大闹。叶向高不甘其扰，最后也只得辞职回家。
叶向高一走，另一位与他私交甚好也是东林党的韩旷害怕魏忠贤将下一个朝他动手，也紧随其后辞职了。
明朝内阁设立于明建文四年，乃是皇帝的咨政机构。起初，内阁大学士只具有顾问身份，皇帝为最终决定的权力，而大学士很少有参决的机会。到明仁宗、明宣宗时期，地位日益受尊崇。自此，内阁的权力日益增大，到明世宗中叶，夏言、严嵩等人执掌内阁，地位赫然为真正的宰相，亦可压制六部。
不过首席内阁大学士（或称内阁首辅）有票拟的权力，但却不得不依赖于内部太监送达批红。明朝时首辅大学士的职权如同以前的丞相，但必须与宦官合作，才能执掌大政，就好比张居正也是跟冯保合作，才事事上达天听。
东林党中这两个官至内阁大臣的家伙，自以为采取无为而治的法子能够摆脱魏忠贤。不需用跟他合作。结果魏忠贤借势这么一招，就将他两给逼得辞职回家。自此，魏忠贤算是从真正意义上掌握了内阁。