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担任从事，并上书请求解除党禁。
在讨伐黄巾过程中，王允率兵大破黄巾军的别帅，之后，和左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱儁共同受降数十万黄巾起义军。
在受降过程中，细心的王允从农民军中搜查到一封中常侍张让的宾客所写的书信，信中涉及一些与黄巾军有关的内容。
张让是当朝掌权的大宦官，权势很大，极受皇帝宠爱。王允也不计较利害关系，便把其中的具体细节全部揭发出来，并且写成奏折上奏皇帝。汉灵帝指责张让，张让叩头谢罪，但始终没有被治罪。
张让脱罪后，对王允心怀怨恨，一心想伺机打击报复王允。第二年，朝廷下诏将王允逮捕下狱治罪。
不久，正好赶上朝廷大赦，王允免罪释放，还复刺史原职。可没过多久，王允又受征入朝，被捕治罪。
司徒杨赐素知王允的为人和品性，知道张让是有意想置王允于死地，为了替王允开罪，让他免受痛苦和屈辱，杨赐派手下人劝告王允说：“您因为张让的事，一月（一作一百多日）之间再次征召，凶祸不可估量，您应当深思熟虑。”
王允手下有的从事好气决勇，他们流着眼泪奉药与王允。
王允厉声说：“我为人臣，陛下赐罪于我，我应当服极刑以谢天下，岂能饮药求死呢？”说完，便把酒泼倒在地上，起身走入囚车。王允到了廷尉那里，左右的人都催促处理其事，朝臣没有不叹息的。
大将军何进、太尉袁隗、司徒杨赐联名向皇帝上书，说：“人君内视反听，则忠臣就竭诚以事；宽待贤者，夸耀他的才能，义士就更加严格要求自己。所以孝文皇帝采纳了冯唐的意见，晋悼公原宥了魏绛的罪过。王允是按特选任用的。他诛除叛逆，抚慰归顺，不到一个月，豫州境内扫清。正要列举他的功勋，报请朝廷加爵赏赐，却因奉事不当，应处极刑。责斥轻，处罚重，有失众望。臣等位在宰相，不敢默不作声。臣等实在认为王允应该蒙三槐之听讼，以明忠贞之心。”
于是，王允被判为减死罪一等。
这年冬天，又逢朝廷大赦，唯独王允不在赦免之列。
三公要员继续上书替王允主持公道。等到第二年，王允才被免罪释放。
当时，朝中宦官当权，张让阉党凭借权势横行霸道，偶有小怨小忿，都会被他们害死。王允担心会遭宦官迫害，只得改名换姓，离开都城洛阳，辗转于河内、陈留之间。