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，以幕府为政权的中枢，上对天皇、公卿，下至各藩大名、一般武士、僧侣、农民、手工业者、商人，形成了一套完整的幕藩体制。德川幕府就是主要靠这个体制来统治全国。[10]
庆长三年（1598年），丰臣秀吉病逝，全日本顿时陷入混乱。身为五大老之首的德川家康趁机迅速私结大名伊达政宗等人，任意分封领地。次年，前田利家病逝之后，丰臣家以石田三成为首的家臣与德川家康关系迅速恶化。庆长五年（1600年），德川家康因上杉氏重臣直江兼续的诉状《直江状》，起兵征讨上杉景胜。丰臣家石田三成便以此为德川家康违反私战禁令，召集各地大名聚集於大阪城发表内府违反条文，随即起兵北讨伐德川氏。德川家康在小山评定，结成东军。将上杉战事交给次子结城秀康，亲率大军与支持他的丰臣武将回师对抗。庆长五年九月十五日（1600年10月21日）两军主力最后在近江一带的关原进行会战。最终，德川家康巧妙利用西军人心不齐的弱点，拉动敌方将领小早川秀秋，迅速取得了胜利，奠定了德川氏统治的基础。
关原合战后，德川家康主导战后处理与论功行赏等工作，丰臣秀赖的领地由222万石大幅削减到65万石。庆长八年二月十二日（1603年3月24日），家康就任征夷大将军。创立江户幕府。家康的政治目标是要开创长期稳定的政权，于是当时名义上是德川家主君的丰臣家便成为一大问题了。庆长十九年（1614年）的方铭钟事件中，德川家康借口钟铭内文有对德川家不利的文句，对大阪的丰臣氏残余开战，包括在1614年十二月的大坂冬之阵以及1615年五月的大坂夏之阵（6月4日，即农历五月八日结束）。丰臣秀赖与其母淀殿自杀，丰臣氏灭亡，日本实现统一。