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帝乳母与女婿樊严、侍中周广、虎贲中郎将谢恽等都曾流放至此。
但即便如此难以统治，对于汉王朝来说，这里也不能放弃，因此它是直属郡县，因此为开发此处汉朝尽了最大努力：设置政府、征收赋税、移民实边。
但日南郡实在是偏远，汉人数量实在太少，土着势力又过于强大，所以自汉人统治这里开始，冲突就没有停过，最终在汉光武帝的时候，交趾地方爆发了一场规模十分庞大的起义，也就是 “二征起义”，交趾三郡全部卷入其中。
东汉政府派出了着名的伏波将军马援前去平叛，并在平定叛乱之后，伏波将军马援在当地立了两根铜柱，并以此为汉帝国最南端的边境，这就是着名历史典故“马援铜柱”，并向当地发出了振聋发聩的誓言：铜柱折，交趾灭。
而这次叛乱的林邑国，则在铜柱之前，实际是就是原来的日南郡象林县，象林县又在日南郡的最南端，对于当时的中原王朝来说，可以说是极南中的极南了。
交趾和九真两郡因为汉朝移民多的原因，经济文化得到很大发展，然而日南郡则不然，这里气候酷热，且多瘴气，自然环境相当恶劣，所以汉地统治薄弱。
所以，日南郡仍然频繁发生土着闹事的现象，并最终发展到了政府镇压都镇不住的地步，东汉顺帝时，日南郡南部的象林县就曾发生过叛乱，占族土着首领区连率领数千人叛乱， “烧城寺，杀长吏”，当时交趾刺史官兵去镇压，结果士兵竟然嫌弃路远而不愿前往并发生兵变。
没有办法，随后日南郡便渐渐糜烂，东汉的中央政府在得知此事后，本想从本土派重兵前去平叛，但被大臣李固劝止，理由是此处实在是地处偏远，远征劳民伤财，且胜算不大。
于是乎，此处就脱离汉朝自立了，建立了占人的第一个国家政权——林邑，中国的南疆由北纬13度缩至北纬16度一线（即今越南顺化一带）。但是，日南郡的建制还在，不过是萎缩了而，日南郡仍然是南部重要州郡，是海上丝绸之路的交通要冲。
东汉桓帝时，西方大国罗马帝国曾派遣使者访华，船只便是在日南郡登陆，这是有史以来中欧最早的官方接触之一。
林邑国建立后，不断往北蚕食，他们经常骚扰日南郡，杀人抢劫，在东晋穆帝的时候，占人甚至杀了日南郡太守夏侯览，并屠杀了五六千名百姓，后来遭到了东晋宁州刺史孙恩的血腥报复，林邑全境被破坏屠杀。
不过，中原王朝虽然能打击林邑，但却无法控制日南郡，终于在晋废帝司马奕在位时期，日南郡彻底为林邑吞并，日南郡被废除。
因此，在正式设立安南都护府后，桓温给安南都护孙绰的第一个任务就是灭掉林邑国，孙绰从小在宁州长大，宁州离交州不远，熟悉那里的地形和人文，之前桓温调孙绰为交州刺史，其实就是为了为灭掉林邑国作准备。
而孙绰也没有辜负桓温的期望，在调任交州刺史兼安南都护之后，便开始积极的为攻伐林邑国作准备，率领万人深入林邑国境内，歼灭了林邑的大半士兵，夺回先前被林邑国掠走的人口和财产，此战痛击林邑，林邑请降，并向朝廷致送大象、金银、古贝等礼物 。
林邑请降之后，桓温为了进一步控制南海地区，在林邑国境内又设立了比景郡、海阴郡、林邑郡3郡。
孙绰这次军事征服范围极广，一直打到了林邑国最南端，也就是现如今湄公河的入河口位，并在入河口处设置海阴郡直接统治，比旧日南郡南境还要靠南，这也是中华五千年以来南境最远之处。