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浣熊市事件当日，指挥官黎谱与超级战士爱丽丝抢到了保护伞公司的运输机，带着大家逃离浣熊市。然而保护伞高层凯恩之死，还是很快惊动了保护伞议事会，他们下令第一时间投放战术核导弹。
核爆炸杀死了浣熊市内的一切生灵，即便是逃出生天的大家也被核爆冲击波击落，运输机坠毁在阿克雷山脉。
爱丽丝为了保护安吉拉，被一根钢铁刺穿胸口，惨死当场。
她的尸体被保护伞回收，由艾萨克博士动用最顶尖的生化技术复活。
爱丽丝苏醒后觉醒了脑电脉冲能力，一路杀出实验室，在卡洛斯、吉尔等人的接应下逃出生天。
然而她却不知道，这一切不过是艾萨克博士的爱丽丝计划的一环。
爱丽丝等人试图向美国国会揭开保护伞公司的邪恶一面，然而他们对此过于天真，保护伞早已控制了政府。
他们受到政府的通缉，吉尔也在某一次掩护逃离中与他们失散。
时间流逝，t病毒不可控制地蔓延到大半个地球，所有缺乏民间动员能力的国家都在病毒的侵袭下沦陷。
红旗飘荡的国家成为了人类最后的家园。
人类生存已经岌岌可危。
爱丽丝独自一人游荡在废土之上，拯救能遇见的所有幸存者。
卡洛斯等人也组成了幸存者车队，在美洲大地上苟延残喘。
而保护伞的艾萨克博士，则一直进行着他的邪恶计划……
正线：伟大的指挥官黎谱，将再一次领导人们战胜保护伞。
保证幸存者车队减员不超过五人，获得“领袖军刀”。
帮助爱丽丝消灭艾萨克博士，获得特质项点数一点，开启后续《生化危机4》。
领袖军刀：锋利无比的指挥官专用武器，能够鼓舞士气，在黑暗中赋予追随者希望，就算损坏，在下一个世界也能恢复如新。
黎谱查看了一下武器信息，发现和善良之枪不同，这把武器并无升级项。
邪线：抓住爱丽丝，献给艾萨克博士，你将获得由艾萨克博士亲手注入你体内的G病毒。
G病毒：艾萨克博士提取了爱丽丝血清，与传统t病毒相结合创造的新型强力病毒，可以在人体中产生强大的寄生体。
“神经病，选正线。”
“作为一个情圣，你在飞机失事时，为了保护你新交的女朋友吉尔，将降落伞留给了她，主动从飞机上跳落。所有人都以为你已经死了，但你却奇迹般地落在了一只变异的安第斯神鹫背上，控制着这只怪物平安着陆。”
“随后的时间里，你孤身一人调查着保护伞公司总部位置，试图刺杀保护伞高层，终结他们的邪恶目的，只可惜你的行动永远快不过t病毒。”
“与爱丽丝一样，你成为了孤身游荡在废墟中的独行侠，你刚刚杀光了一家末日食人家族，收获到少许物资，这时你听见外面传来了摩托车的声音。”
“你拔出了手枪。”