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库，掌收放现审案内赃款及没收各对象，并保管本部现银及堂印；赎罚处，掌罚罪事；律例馆，掌修订法律。类似现在的司法部和公检法部门。
工部为管理全国工程事务的机关。职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。凡全国之土木、水利工程，机器制造工程（包括军器、军火、军用器物等），矿冶、纺织等官办工业无不综理，并主管一部分金融货币和统一度量衡。明清工部下设四司﹕营缮清吏司，掌宫室官衙营造修缮；虞衡清吏司，掌制造、收发各种官用器物，主管度量衡及铸钱；都水清吏司，掌估销工程费用，主管制造诏册、官书等事；屯田清吏司，掌陵寝修缮及核销费用，支领物料及部分税收。除四司外，清设有制造库，掌制造皇帝车驾、册箱、宝箱、仪仗、祭器等；节慎库，掌收发经费款项；料估所，掌估工料之数及稽核、供销京城各坛庙、宫殿、城垣、各部院衙署等工程。类似现在的工信部、水利部、城乡建设部。
光绪三十二年，清政府宣布“仿行宪政”，将户部改称度支部，兵部改称陆军部，工部与新设之商部合并为农工商部，原来的理藩院改称理藩部，刑部改称法部，另增设民政部、邮传部。将原设之太常寺、光禄寺、鸿胪寺并入礼部，礼部内部机构中添设承政、参议二厅，仪制、太常、光禄三司及礼器库、礼学馆。至宣统三年（1911）四月，清政府成立责任内阁。五月，责任内阁颁布官制，设立制诰、铨叙等局，吏部遂撤。六月，将礼部改为典礼院，成为清政府专管朝廷坛庙、陵寝之礼乐及制造典守事宜，并掌修明礼乐、更定章制的机关。六部之制，遂告变革。