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直到长沙府被攻克，孔有德自焚，孙可望再也忍受不了。
随后孙可望率军回到安龙府，杀明廷官吏十余人，控制朝政，他打着永历皇帝大旗，“挟天子以令诸侯”。孙可望迅速攫取了永历朝廷的朝政大权，成为了实际上的军政一把手，在永历朝廷党争极为厉害的吴楚两党此时鸦雀无声，因为孙可望真的会杀人。
到了这个时候，就算孟浚同意让出南京，孙可望也绝不会同意，控制了朝廷之后，孙可望挟持永历朝廷退往云南昆明，欲以云南之地为基业，实现自己心中的野望。
到了云南的孙可望决定对云南的土地实行改革，过去地主对百姓的政策是，他们收田里收成的六分，百姓拿四分。孙可望来了以后，改变了这个局面，大西军要在这里面拿四分，但是百姓可以拿六分。这六分里面如果你是佃户的话，那就要给地主一分。
唯一吃了血亏的就是地主，不过在西军的屠刀下，无人敢反抗，但有人反抗，便是屠灭满门的下场，在孙可望所部占领了云南大片土地后，他开始大力整顿军务，宣布只要是大军经过的地方，要保证鸡犬不惊。
只要西军内有任何人夺取百姓东西的，立刻斩首。但是如果百姓不举报的话，那要承担跟这个士兵一样的罪责。甚至连当地的官员都要因此而受到牵连。
而且孙可望不允许自己的手下人对云南境内的百姓滥杀无辜，保证公平，使得大西军在云南之地逐渐获得人心。
而孙可望挟持永历帝移都昆明之事，在南方各地引得议论纷纷，诸多士绅皆言，孙可望狼子野心，天下局势大好，竟然将天子移都西南，有操莽之心，不过再多的议论也改变不了已经既定的事实。